Hoàng Phùng Cơ sinh năm nào không rõ, chỉ biết ông người xã Vân Cốc, huyện Bạch Hạc, nay thuộc Phú Thọ. Ban đầu, Hoàng Phùng Cơ là một trong những vị tướng trẻ của Nguyễn Hữu Cầu, từng cùng Nguyễn Hữu Cầu tung hoành khắp vùng đồng bằng Bắc Bộ, đánh cho quân của vua Lê - chúa Trịnh nhiều trận thất điên bát đảo. Nhưng rồi vào tháng 3 năm Bính Dần (1746), Hoàng Phùng Cơ từ bỏ nghĩa quân của Nguyễn Hữu Cầu mà về đầu hàng vua Lê - chúa Trịnh, được chúa Trịnh Doanh tin dùng và dần dần trở thành một trong những nhân vật có thế lực

Năm Đinh Mùi (1787), bởi một loạt nhưng biến cố trong kinh đô, Hoàng Phùng Cơ chạy về Sơn Tây. Lúc này, chúa Trịnh Bồng cũng đã bỏ chạy khỏi kinh thành, quyền hành trong nước nghiễm nhiên thuộc về nhân vật đang thời đắc chí là Nguyễn Hữu Chỉnh, vua Lê Chiêu Thống cũng chỉ là hư vị mà thôi. Thế cuộc đẩy đưa, Nguyễn Hữu Chỉnh và Hoàng Phùng Cơ trở thành hai nhân vật đối địch, kẻ ở trong kinh, người ở ngoài trấn, nhưng ai cũng nhân danh vua Lê để mưu diệt lẫn nhau. Tháng 8 năm Đinh Mùi (1787), cuộc giao tranh giữa hai bên đã nổ ra và Hoàng Phùng Cơ đã bị giết. Sự kiện này được sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục (Chính biên, quyển 47, tờ 9) chép lại như sau:

“(Hoàng) Phùng Cơ ở Sơn Tây, mưu toan cất quân vào kinh thành để bảo vệ triều đình, bèn cho truyền hịch đi khắp các lộ Quảng (Oai) và Quốc (Oai), nêu rõ danh nghĩa dấy quân là trừng trị Nguyễn Hữu Chỉnh.

(Nguyễn) Hữu Chỉnh sai tướng là Nguyễn Duật đem quân lên đón đánh (Hoàng Phùng Cơ) ở khu vực xã Đại Phùng (huyện Đan Phượng của Sơn Tây, nay thuộc Hà Tây - ND), còn mình thì đích thân đem đại binh đi tiếp ứng. (Hoàng) Phùng Cơ giao chiến với Nguyễn Duật, đánh cho (Nguyễn) Duật phải bỏ chạy. Con của (Hoàng) Phùng Cơ là (Hoàng Phùng) Gia khuyên cha nên nhân đà thắng lợi mà đánh thẳng vào tận kinh thành, nhưng (Hoàng) Phùng Cơ không nghe, lại còn nói: Truyện "Việt Sử Giai Thoại " được copy từ diễn đàn Lương Sơn Bạc (LuongSonBac.com)

- Bắt (Nguyễn) Hữu Chỉnh bất quá cũng chỉ như bắt một đứa trẻ con. Hãy tạm nghỉ rồi đánh đuổi sau cũng không có gì là muộn.

(Nguyễn) Duật đang chạy, ngoái nhìn chẳng thấy quân của (Hoàng) Phùng Cơ đuổi theo, bèn thu quân quay lại, dàn thành thế trận mà đánh. Khi ấy, quân của (Hoàng) Phùng Cơ đang ăn cơm, không ai kịp trở tay, chỉ bỏ chạy tan tác, bỏ lại (Hoàng) Phùng Cơ cùng với con trai (là Hoàng Phùng Gia) chơ vơ trên mình voi. Hai cha con cố sức đánh quân của (Nguyễn) Duật đã khép chặt vòng vây cả bốn phía. Đúng lúc đó, (Nguyễn) Hữu Chỉnh cũng cho quân ập đến. Quân Thiết Đột được lệnh xông lên, cứ nhè (Hoàng) Phùng Cơ mà bắn tới tấp. (Hoàng) Phùng Cơ bị thương, té nhào từ trên bành voi xuống, bị bắt và bị giải về kinh đô. Khi (Hoàng) Phùng Cơ sắp bị đem đi chém, Nhà vua nghĩ đến chút công lao đánh bọn (Nguyễn) Mậu Nễ trước kia nên cho (Hoàng) Phùng Cơ được uống thuốc độc mà chết". Truyện "Việt Sử Giai Thoại " được copy từ diễn đàn Lương Sơn Bạc (LuongSonBac.com) Truyện "Việt Sử Giai Thoại " được copy từ diễn đàn Lương Sơn Bạc (LuongSonBac.com)

Lời bàn: Trước thì theo Nguyễn Hữu Cầu, sau lại theo về với vua Lê - chúa Trịnh, tuy được chúa Trịnh tin dùng, ban cho chút chức tước để vênh vang với thiên hạ, nhưng, Hoàng Phùng Cơ hỡi, danh tiết rẻ rúng ấy đáng xếp vào hạng nào?

Trong mọi việc cần phải cẩn trọng, không có gì cần cẩn trọng hơn việc ra trận, bởi đây là chuyện sống chết, chuyện máu xương. Lính ra trận mà bất cẩn thì không vong mạng cũng mang thương tích cùng mình, sau đó hối tiếc cũng chẳng ích lợi gì nữa. Tướng cầm quân ra trận mà bất cẩn thì đại bại hoặc tử vong là chuyện thường, mối nguy thật khó mà lường được. Hoàng Phùng Cơ không phải chỉ là bất cẩn mà là chủ quan, ngạo mạn, thắng mới lạ chớ thua thì có gì là lạ đâu. Hóa ra, con người danh tiết rẻ rúng này cũng để lại cho đời một bài học: chủ quan ngạo mạn là kẻ thù nguy hiểm nhất của bất cứ ai.

Hoàng Phùng Cơ nhân danh hoàng đế nhà Lê để dấy quân, còn vua Lê Chiêu Thống thì nhân danh một hoàng đế hữu danh vô thực đang sống chẳng khác gì bị quản thúc trong hoàng thành, cho phép Hoàng Phùng Cơ được uống thuốc độc để chết thay vì đem ra chém đầu, sự thể mới mỉa mai làm sao. Với Lê Chiêu Thống, sự nghiệp của Hoàng Phùng Cơ bất quá chỉ có một chút đáng kể, đó là đánh viên tì tướng của Dương Trọng Khiêm là Nguyễn Mậu Nễ mà thôi. Ngẫm kĩ thì thấy sao mà chua chát quá.